Für die Börsenaufsicht und die Abwicklung der erfolgreichen Gebote gelten dieselben Regeln wie beim sonstigen Börsenhandel. Damit bleiben die besonderen Vorteile des Emissionshandels auch bei der Versteigerung erhalten da beim Emissionshandel Angebot und Nachfrage aller Marktteilnehmer den aktuellen Wert der Emissionszertifikate bestimmen. Die Versteigerungsverordnung enthält eine ausdrückliche Öffnungsklausel, nach der auch andere EU-Mitgliedstaaten ihre Zertifikate auf der deutschen Handelsplattform versteigern können.
Die vom Kabinett verabschiedete Emissionshandels-Versteigerungsverordnung (EHVV 2012) regelt insbesondere die Versteigerung von jährlich 40 Millionen Emissionszertifikaten für die Jahre 2010 bis 2012, die den Betreibern von Kraftwerken nicht kostenlos zugeteilt wurden. Die neue Verordnung bedarf noch der Zustimmung des Deutschen Bundestages.
Nach der Versteigerungsverordnung sind staatliche Eingriffe in den Preisbildungsprozess nur für solche Ausnahmefälle vorgesehen, bei denen einzelne Bieter versuchen sollten, durch ihre Gebotsabgabe den Versteigerungspreis zu manipulieren und damit den Prozess zu missbrauchen.
